Para migrar los archivos y carpetas compartidas de un servidor a otro tenemos que ejecutar los siguientes pasos

Copiar los archivos y carpetas

Para copiar los archivos y carpetas con los permisos se puede hacer con varios métodos:

restaurando desde la copia de seguridad

utilizando robocopy (http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc733145%28v=ws.10%29.aspx)

mediante la utilidad de Microsoft FSMT (File Server Migration Tool) http://www.microsoft.com/windowsserver2003/upgrading/nt4/tooldocs/msfsc.mspx

otros

Restaurar las carpetas compartidas

Para ello tenemos que hacer lo que se indica en el http://support.microsoft.com/?kbid=125996 Es decir hay que exportar desde el subárbol HKEY_LOCAL_MACHINE, la siguiente clave:

SYSTEM\CurrentControlSet\Services\LanmanServer\Shares

Después sólo hay que importar dicha clave en el nuevo servidor y reiniciarlo

Documentación

http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc733145%28v=ws.10%29.aspx

http://www.radians.com.ar/blog/?p=60