Para deshabilitar java en todos los navegadores que tengamos instalados → Panel de control → Java → Seguridad > desmarcamos “Activar contenido de Java en el explorador”

Para otras alternativas mirar https://itekblog.com/how-to-disable-java-in-all-browsers-at-once/

la más sencilla es ejecutar el binario javaw en vez de usar java al lanzar la aplicación

usar en el archivo bat el comando start antes de la llamada al ejecutable. Ejemplo

@echo off
start C:\miprograma.exe